1999年1月11日 九三學社中央在北京召開“科技創(chuàng)新與人才”座談會。社中央副主席王選主持會議。社中央副主席趙偉之、金開誠，秘書長劉榮漢等出席。
1999年1月29日 各民主黨派中央在北京召開紀念江澤民《為促進祖國統一大業(yè)的完成而繼續(xù)奮斗》重要講話發(fā)表4周年暨全國人大常委會《告臺灣同胞書》發(fā)表20周年座談會。社中央副主席金開誠出席并代表九三學社中央發(fā)言。
1999年3月3日—11日 全國政協九屆二次會議在北京召開。九三學社以社中央名義提交大會發(fā)言5件，提案4件。閔乃本委員代表社中央作了題為《加強創(chuàng)新人才建設，迎接知識經濟挑戰(zhàn)》的大會口頭發(fā)言。期間，中共中央政治局常委、國務院副總理李嵐清到九三學社小組討論會場，聽取委員們的發(fā)言并發(fā)表講話。
1999年3月11日 九三學社十屆五次中常委會議在北京舉行。會議審議并通過了《關于學習貫徹九屆全國人大二次會議和全國政協九屆二次會議精神的決議》，聽取了九三學社中央關于1999年工作安排的匯報并做出了相應決定。
1999年3月24日 九三學社中央召開學習會，傳達學習九屆全國人大二次會議和全國政協九屆二次會議精神。
1999年4月 九三學社中央副主席黃其興率隊赴畢節(jié)地區(qū)威寧縣進行考察。通過考察，社中央確定了威寧縣作為九三學社對畢節(jié)試驗區(qū)支邊扶貧工作的重點聯系縣。
1999年4月12日—21日 中共中央統戰(zhàn)部和中共中央臺辦組織各民主黨派中央、全國工商聯和無黨派人士分三路赴沿海7省市進行考察。九三學社中央主席吳階平，常務副主席王文元，副主席洪紱曾、金開誠參加了第二路考察團。
1999年5月5日 九三學社中央召開座談會，學習座談胡錦濤在五四運動80周年紀念大會上的講話。
1999年5月5日—17日 全國政協副主席、九三學社中央常務副主席王文元率由全國政協提案委員會組織的建設工程質量調研組，對上海、廣東、安徽的工程質量問題進行了專題調研與考察。
1999年5月6日—13日 九三學社中央副主席金開誠率社中央組織部、宣傳部、研究室、辦公廳干部組成的社務工作調研組，對河南、江蘇的社組織進行調研。
1999年5月9日 九三學社中央召開座談會，強烈譴責以美國為首的北約在5月7日轟炸中國駐南聯盟使館的野蠻暴行，堅決支持我國政府的嚴正聲明。社中央主席吳階平主持會議并發(fā)表講話。
1999年5月11日 《各民主黨派中央關于加強自身建設若干問題座談會紀要》頒發(fā)執(zhí)行。
1999年5月13日 九三學社中央在上海召開“科技創(chuàng)新與法制建設”研討會。社中央副主席趙偉之、謝麗娟出席會議并講話。
1999年5月15日—28日 九三學社中央常務副主席王文元，副主席黃其興，秘書長劉榮漢隨中共中央統戰(zhàn)部、國家民委、各民主黨派中央、全國工商聯智力支邊協調小組赴貴州省畢節(jié)地區(qū)、黔西南州，廣西百色地區(qū)進行綜合考察。
1999年6月2日 九三學社中央召開中心組學習會，學習座談江澤民等中共中央領導同志就以美國為首的北約轟炸我駐南使館發(fā)表的一系列講話。
1999年6月3日 九三學社中央主席吳階平在社中央機關接見了中科院研究生院副教授、本社社員楊佳。
1999年6月7日—12日 九三學社全國組織宣傳信息工作會議在北京召開。會議的主題是貫徹落實《各民主黨派中央關于加強自身建設若干問題座談會紀要》精神。
1999年6月10日 薛公綽逝世。薛公綽（1913—1999），江蘇漣水人，1950年加入九三學社，歷任社第三至八屆中央委員會委員，第五至八屆中央委員會常委，曾任社中央執(zhí)行局委員、組織部部長。
1999年6月17日—19日 九三學社第五次華北地區(qū)協作會暨第二次四直轄市協作會在天津召開。
1999年6月22日—24日 九三學社中央與國家科技部聯合舉辦中國鄉(xiāng)鎮(zhèn)企業(yè)科技創(chuàng)新高級研討班。北京、上海、湖南、浙江等10多個省市的40多位企業(yè)家參加了研討班的學習。
1999年6月27日—30日 九三學社十屆六次中常委會議在北京召開。會議研究了如何進一步加強九三學社參政議政工作和自身建設的有關問題，審議并原則通過了九三學社中央《關于加強組織建設的若干規(guī)定》、《關于加強思想建設工作的若干意見》和《關于加強信息工作的若干意見》。
1999年7月2日 九三學社中央宣傳部、社中央文教委員會召開學習會，學習座談全國教育工作會議精神。
1999年7月5日 九三學社中央和社北京市委在北京聯合舉辦“中關村科技園區(qū)發(fā)展研討會”。
1999年7月15日—20日 九三學社中央在廣西桂林召開“科教扶貧工作研討會”。社中央副主席安振東、黃其興，秘書長劉榮漢出席。
1999年7月21日 全國政協副主席、九三學社中央常務副主席王文元赴遼寧視察，并到九三學社大連市委會檢查指導工作。
1999年7月22日 《吳階平傳》出版新聞發(fā)布會在北京召開。
1999年7月27日 九三學社中央宣傳部召開學習會，座談中共中央關于處理和解決“法輪功”問題的決策的重要意義，討論破除封建迷信，倡導科學精神、科學思想，普及科學知識的措施建議。
1999年9月7日 九三學社中央召開學習會，學習座談全國技術創(chuàng)新大會精神，為推進國家創(chuàng)新體系的建設，加速高新技術產業(yè)的發(fā)展建言獻策。
1999年9月15日 全國人大常委會副委員長、九三學社中央主席吳階平出席《中國民主黨派史》一書的出版座談會并發(fā)表講話。
1999年9月16日 統一戰(zhàn)線各界人士200多人參加由中共中央統戰(zhàn)部舉辦的座談會，熱烈慶祝中華人民共和國成立50周年。全國人大常委會副委員長、九三學社中央主席吳階平出席。
1999年9月18日 中共中央、國務院、中央軍委在人民大會堂隆重舉行大會，表彰當年為研制“兩彈一星”作出突出貢獻的23位科技專家。九三學社社員王淦昌、鄧稼先、趙九章、陳芳允、程開甲榮獲“兩彈一星功勛獎章”。
1999年9月22日 慶祝中國人民政治協商會議成立50周年大會在全國政協禮堂舉行。全國人大常委會副委員長、九三學社中央主席吳階平出席。
1999年9月26日 九三學社十屆七次中常委會議在北京舉行。會議認真學習了中共十五屆四中全會公報和《中共中央關于國有企業(yè)改革和發(fā)展若干重大問題的決定》，審議通過了《關于認真學習、貫徹中共十五屆四中全會精神的決議》。
1999年10月5日 王澤農逝世。王澤農（1907—1999），江西婺源人，我國著名茶葉專家、茶學教育家。王澤農1956年9月加入九三學社，歷任社第五、六、七屆中央委員會委員，第七屆中央委員會常委，中央參議委員會常委。
1999年10月10日 九三學社中央召開學習會，學習座談中共十五屆四中全會精神，為國有企業(yè)改革和發(fā)展建言獻策。
1999年10月21日 何梁何利基金第六屆頒獎大會在北京舉行。九三學社中央名譽副主席柯召、郝詒純，社員郭令智、彭司勛、盧柯、沈善炯6人獲何梁何利基金“科學與技術進步獎”。
1999年10月26日 第六次李四光地質科學獎頒獎儀式在北京舉行。九三學社中央名譽副主席郝詒純，社員郭令智獲李四光地質科學獎榮譽獎。
1999年12月7日—8日 九三學社中央舉行院士學術報告會。王選、程裕淇、韓啟德就各自領域所研究的專業(yè)作了報告。
1999年12月8日—11日 九三學社十屆三中全會在北京召開。會議認真學習了中共十五屆四中全會精神，審議并通過了社中央常務委員會1999年工作報告。
1999年12月11日 九三學社中央下發(fā)《關于頒發(fā)“學社史，繼傳統，迎接新世紀”讀書活動組織獎和優(yōu)秀文章獎的決定》。
1999年12月20日 中葡澳門政權交接儀式隆重舉行，中國政府對澳門恢復行使主權。全國人大常委會副委員長、九三學社中央主席吳階平作為中國政府代表團成員出席了政權交接儀式。
1999年12月22日 九三學社中央舉行座談會，慶祝澳門回歸。社中央主席吳階平出席會議并講話。
1999年12月27日 中共中央統戰(zhàn)部和各民主黨派中央在人民大會堂舉行“堅持多黨合作，走向新的世紀”座談會，紀念中國共產黨領導的多黨合作和政治協商制度創(chuàng)立50周年。社中央常務副主席王文元代表九三學社中央發(fā)言。
1999年12月27日 九三學社中央、中國物理學會、周培源基金會在北京舉行“王淦昌先生逝世周年紀念會”。
1999年12月28日 九三學社中央召開紀念《中共中央關于堅持和完善中國共產黨領導的多黨合作和政治協商制度的意見》發(fā)表10周年座談會。
