為加強公益性研究，從2001年開始，國家針對當時我國公益類科研機構分類不清、重復設置、冗員多等情況，對包括農(nóng)業(yè)、衛(wèi)生、資源環(huán)境等在內(nèi)的公益類科研機構在減少機構、分流人員、保留精干隊伍、加大政府支持力度的基礎上進行了改革。從實踐來說，改革的大方向是正確的，取得了可喜的成效，但也存在著許多問題，主要有以下幾個方面。

一是改革過程中對公益類和非公益類院所的確定缺乏科學的標準，存在一些隨意性，致使一些轉(zhuǎn)制院所在定位上出現(xiàn)問題。以農(nóng)科院為例，按照當初要求中國農(nóng)科院一半的科研院所轉(zhuǎn)為企業(yè)的硬性規(guī)定，農(nóng)科院的原31個研究所有l(wèi)2個擬定轉(zhuǎn)制為企業(yè)，4個研究所轉(zhuǎn)制為農(nóng)業(yè)事業(yè)單位，4個研究所進入了大學。但這12個擬轉(zhuǎn)企所如中國農(nóng)業(yè)科學院蘭州獸醫(yī)研究所、農(nóng)產(chǎn)品加工研究等具有明顯的公益性質(zhì)。農(nóng)業(yè)機械化研究所、農(nóng)田灌溉研究所、農(nóng)業(yè)質(zhì)量標準與檢測技術研究所等4個轉(zhuǎn)制為農(nóng)業(yè)事業(yè)單位的科研機構，也主要是進行公益性研究，不具備農(nóng)業(yè)事業(yè)單位的特征。將這些在國民經(jīng)濟發(fā)展中發(fā)揮著重要公益性作用的研究所轉(zhuǎn)制為企業(yè)，會一定程度上減弱國家農(nóng)業(yè)科研整體創(chuàng)新能力和對農(nóng)村經(jīng)濟發(fā)展的科研支撐能力。二是科研經(jīng)費結構存在問題。近年來，隨著國家對科研投入的增加，對公益類的科研經(jīng)費的支持有了較大增長，但主要是科技項目經(jīng)費增長很快，但事業(yè)費基本沒有增加，導致事業(yè)費嚴重不足，相當多的研究所運轉(zhuǎn)困難。根據(jù)調(diào)查，目前公益類科研院所由財政撥付的事業(yè)費（運行費）僅占實際發(fā)生費用的30%左右，一方面是事業(yè)費嚴重不足，另一方面是科研經(jīng)費不準用于人員費，這使得事業(yè)單位性質(zhì)的科研院所處于難以運轉(zhuǎn)的境地。許多公益類研究機構迫于創(chuàng)收的壓力，不得不從事與自身職能和特點不相稱的各種經(jīng)營性活動。同時，現(xiàn)行的以項目為主的撥款制度實際上是從科研機構事業(yè)費中切一塊向上流動，然后通過計劃、基金或研究項目經(jīng)費下?lián)?。其結果是，一方面加大了上級主管部門分配經(jīng)費的決策權，縮小了科研院所在資金投向方面的決策權；另一方面，科研人員必須不斷地申請和爭取課題和項目，難以形成成果積累，使基礎性、長遠性的重大研究項目難以開展，影響了科研人才的培養(yǎng)和成長。三是人員編制規(guī)定不合理。在改革過程中，按照規(guī)定，公益性研究院所科研人員的編制(即創(chuàng)新編制)不得超過原有人員的30%，創(chuàng)新人員的必須具有高級職稱，且沒有科研輔助人員的編制。這種不加區(qū)分的“一刀切”的規(guī)定在許多情況下與實際需要不適宜。如農(nóng)科院核定的非營利性科研機構創(chuàng)新編制2852人，遠低于美國國家農(nóng)業(yè)研究局8100人、法國國家農(nóng)業(yè)科學院的8600人、印度農(nóng)業(yè)研究委員會的7000人，難以支撐新時期國家農(nóng)業(yè)科技發(fā)展的戰(zhàn)略目標。四是缺乏改革配套措施。最為突出的問題是離退休人員的社會保障問題得不到妥善解決，難以加入地方社會保障體系。此外，職工住房補貼、富余人員的安置等問題也難以得到解決，影響了轉(zhuǎn)制院所的改革和發(fā)展。

公益類科學研究與技術開發(fā)有的屬于關系國計民生的基礎產(chǎn)業(yè)，如農(nóng)業(yè)等；有的直接關系國民的健康，如醫(yī)療衛(wèi)生等；有的則是經(jīng)濟社會發(fā)展的重要支撐，如資源開發(fā)與利用、生態(tài)環(huán)境等。加強公益類科研院所的建設，發(fā)揮科技在社會發(fā)展中的支撐作用，是轉(zhuǎn)變發(fā)展方式、實現(xiàn)經(jīng)濟社會全面發(fā)展的迫切需要。為此，必須進一步深化我國公益類科研院所改革，我們建議：

一是對科研院所的職能定位進行梳理，科學劃分公益類和非公益類科研機構，將主要承擔公益性研究和行業(yè)服務的院所重新劃入公益類院所。

二是繼續(xù)按照整合科技資源、減少機構的原則對公益類科研機構進行合理布局，以解決長期以來存在的科研機構設置分散、專業(yè)趨同、整體效益低下等問題。

三是繼續(xù)按照分流人員、保留精干的原則，解決一些研究機構冗員太多的問題，同時應根據(jù)需要和院所實際情況合理確定人員編制，增加農(nóng)業(yè)、醫(yī)療衛(wèi)生、資源環(huán)境等關系民生和經(jīng)濟基礎院所的編制，并設置科研輔助人員的編制。

四是建立現(xiàn)代科研院所的管理體制和運行機制，包括建立現(xiàn)代科研院所的治理結構，如理事會、監(jiān)事會，院所長負責制和首席科學家負責制等；建立固定科研人員與外聘人員、人員合理流動和競爭上崗相結合的用人制度；確立科學合理的業(yè)績考評制度等。

五是改變現(xiàn)行的撥款制度。大大增加事業(yè)經(jīng)費，科研人員的工資和福利待遇應比照公務員執(zhí)行；包括人員工資和福利在內(nèi)的院所運行費全部由國家財政足額撥付。

六是采取切實有效的措施，解決轉(zhuǎn)制院所人員的社會保障問題，解決好離退休人員待遇和社會化管理問題，并妥善解決富余人員分流、歷史債務清償?shù)葐栴}。